脑外科医学部是东方神经科学研究所属下的临床医疗科室。经过十余年的发展建设，已拥有目前国际上先进的诊疗设备和雄厚的技术力量，能够开展脑外科疾病的现代专科治疗。科室临床工作除保持颅脑创伤的救治优势外，显微微创脑外科已成为特色。学科骨干力量年富力强，经验丰富，在著名的脑外科专家于升光、莫卓等学科主任的带领下，对颅脑的复杂难治性肿瘤、急危重型颅脑损伤、脑积水、癫痫、高血压脑出血、脑血管畸形导致的脑出血，脑血管病等显微外科治疗均具有丰富的经验，每年成功抢救急危重病人、昏迷病人约300多例，其中急症重度颅脑损伤的手术治疗达到国际先进水平。

科室现有重症ICU病床15张，拥有64排128层螺旋CT、数字减影血管造影机 (DSA)、1.5T核磁共振系统(MRI)、电子手术显微镜、脑室镜系统、术中电生理检测系统等先进设备，能够开展各种大型及复杂手术。